A Escola Secundária de S. João do Estoril é composta por quatro pavilhões ( A,B,C,D ) interligados através de um pavilhão central e pelas instalações de Educação Física.

A Escola dispõe de 3 portões de acesso: um a Sul e dois a Oeste.
A entrada de alunos, professores, funcionários, demais elementos da comunidade educativa e visitantes faz-se através do portão sul, junto ao qual funciona uma portaria.
Os portões oeste são abertos em situações de emergência ou em ocasiões em que a afluência de pessoas tal justifique.

A Escola dispõe de dois parques de estacionamento no seu perímetro interior. O parque junto ao pavilhão A é reservado a veículos automóveis pertencentes a professores, funcionários da Escola e a elementos da Associação de Pais e Encarregados de Educação quando no exercício das suas funções.
O acesso dos veículos faz-se através do portão sul e a entrada é feita mediante a entrega de um cartão de identificação. Só é permitida a entrada de veículos até estar esgotada a capacidade do parque. Os condutores devem reduzir a sua velocidade ao mínimo, estacionar apenas nos locais marcados no chão para o efeito e abster-se de buzinar ou provocar ruídos que possam prejudicar o normal funcionamento das aulas. À noite deverão circular com os faróis acessos.
O segundo parque de estacionamento situa-se junto ao pavilhão C e é reservado a velocípedes e motociclos pertencentes aos alunos, professores, funcionários desta Escola e elementos da Associação de Pais e Encarregados de Educação quando no exercício das suas funções. A circulação destes veículos é feita com o motor desligado, salvo autorização prévia da Direcção Executiva por motivo devidamente justificado.
Podem ainda entrar na Escola, veículos de mercadorias destinadas ao refeitório e bar, ou para carga e descarga de material diverso, destinado aos pavilhões ou ao ginásio, carros de bombeiros, carros de polícia, ambulâncias, etc., com fins devidamente justificados. A velocidade destes veículos não pode ultrapassar os 10 Km/hora. Têm ainda acesso ao interior da Escola os veículos de transporte de deficientes que podem parar junto à entrada principal enquanto se procede à saída ou entrada de passageiros e respectivas cadeiras de rodas.